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从理论上说，任何软件系统之间都可以做到兼容。但由于不同系统采用的开发技术不同，因而其功能、性能及技术指标往往也不一样，甚至千差万别。再加上开发商出于保护知识产权的需要，一般都会对自己的产品采用严格的加密处理，因此，目前的各种软件系统之间几乎都难以做到完全兼容。
对一般用户而言，衡量不同的网上阅卷系统之间是否兼容，主要从如下两个方面着手：
1、检查答卷格式是否兼容
方法：将按照其它系统要求设计的答卷直接在另一系统上进行扫描识别，检查其是否可以顺利完成扫描识别工作，并能确保识别结果的正确性。
2、检查数据格式是否兼容
方法：网上阅卷完成后，检查其是否可以自动地完成与另一网上阅卷系统相同的统计分析与评价工作，并能确保各项统计指标及统计报表的正确性。
如果能达到上述两方面的兼容，则可以说，在应用的层面它们是兼容的。否则应视为互不兼容的系统。
目前各类专业或非专业考试都趋于采用网上阅卷模式进行评卷的主要原因如下：
1、基于对评卷过程的客观公正性要求；
2、基于对评卷结果的科学准确性要求；
3、基于对提高评卷速度的高效率要求；
4、基于对教学诊断与针对性教学要求；
5、基于对实现教学质量动态监测要求。
回顾我国网上阅卷十多年的发展历程，我们认为可将其分为如下两个阶段：
一、启蒙、尝试与初步发展阶段
我国网上阅卷模式诞生于1999年的广西高考评卷。在高考评卷中采用网上阅卷的思路源于当时广西考试院的主要领导，实现于当时的北京世纪互联公司提供的技术支持。
自1999年广西考试院开创了高考网上阅卷的先河后，各省市的高考、中考网上阅卷如雨后春笋般蓬勃发展。至今为止，全国100%的省市高考和大部分的地市中考均已采用这一阅卷模式。
二、完善、提升与快速发展阶段
2004年2月，北京德普永信软件有限公司（由1999年广西高考网上阅卷系统主要开发者组建）与广州全通数码科技有限公司率先面向全国各级教育局和学校推出基于教学诊断与教学分析为主要目的的“全通纸笔王网上阅卷与分析评价系统”。
全通纸笔王网上阅卷系统自2004年推向应用至今，全国已有二十多个省市，两千多个教育局和学校成为了该系统购买用户，数以千万计的师生成了该系统的使用者和受益者。全通纸笔王网上阅卷系统也因此而被全国教育机构和业界誉为“同业第一品牌”。
至此，网上阅卷租赁服务与产品销售市场迅速发展，前景一片光明，其应用领域也已从单一的高考阅卷过度到教育的其它考试，再延伸到其它非教育领域的专业考试应用。